Ačkoliv byli Slované jako pohané velmi tolerantní i vůči křesťanství, zavádění křesťanských novot ze strany cizí moci se pravděpodobně českým knížatům nelíbilo, proti Bořivojovi se vzbouřili a on musel uprchnout ke Svatoplukovi, se kterým ho pravděpodobně spojovalo ještě další příbuzenství - Svatopluk měl jako jednu z žen Bořivojovu dceru nebo sestru Ludemíru. Po svém opětném dosazení nechal postavit kostel Ženy Marie na ostrohu nad Vltavou, kam pak své sídlo z Levého Hradce přenesl. Tak měl být založen Pražský hrad.

Název „kostel Panny Marie“ je, vzhledem k tomu, že se Marie „stala pannou“, respektive byla za ni prohlášena až roku 1854, samozřejmě pozdější.

(Marie byla za pannu prohlášena nejprve v koránu, a tak můžeme pozdější jezuitský mariánský kult považovat i za jakési „ideologické“ sblížení s islámem. V koránu je však Marie označována také za sestru Mojžíše a Áróna, kteří měli podle bible žít v úplně jiné době, zhruba o 1500 let dřív. ...Možná nám to naznačuje, jaké by mohlo být jedno z příštích vyhlášených dogmat.)

Podle starších verzí, které nepočítají s jeho moravským původem, byl Bořivoj pokřtěn na svém útěku před povstáním. A podle verzí římského kultu toto pravoslavné pokřtění neplatí a prvním českým křesťanským knížetem byl až Spytihněv (895?-915?), který byl podle nich pokřtěn „latinsky“. (Nevím, kde berou jistotu, že byl Spytihněv, syn údajně tak zbožné Ludmily, pokřtěn až jako český panovník při návštěvě Řezna, i když i to je samozřejmě možné.)

Po Bořivojově smrti roku 889 se Svatopluk ujal přímé vlády nad Čechami. Zkušenosti s velkomoravskou nadvládou byly natolik špatné, že hned po Svatoplukově smrti se česká knížata, vedená Bořivojovým synem a nástupcem Spytihněvem, raději roku 895 podřídila franckému králi Arnulfovi a Čechy se od Velkomoravské říše odtrhly.

Rozhodně se to však nedá vysvětlovat jako příklon k „latinskému“ Západu. Byla to právě Velkomoravská říše, která v té době byla již latinizována, a slovanská liturgie tak paradoxně přežívala, byť později jen v omezené míře, naopak v Čechách.

Pozdější - daleko pozdější - katolizaci Moravy tak položil základ právě Svatopluk „vyhnáním“ Metodějových žáků.

Po smrti Spythněvova bratra Vratislava (915?-921) se ujala vlády jeho žena Drahomíra (921-925?). Drahomíra také nechala vyhnat bavorské kněze, a vzhledem k tomu, že byla pravděpodobně pohanka (jak tehdy bylo obvyklé), tak možná nejen bavorské. ...Ještě na začátku 10. století totiž byli v Čechách křesťany jen Přemyslovci, a i to jen někteří. Mezi prostými lidmi pak v Čechách přežívalo pohanství až do novověku.
Ani Václavova (925?-935) proněmecká orientace není vůbec jistá, dokonce ani pravděpodobná. Jeho babička Ludmila v Čechách podporovala slovanské duchovenstvo, a navzdory pronikajícímu německému kléru se postarala o to, aby se Václavovi dostalo slovanského vzdělání. - Podle tradice už od doby knížete Bořivoje existovala slovanská teologická škola na Vyšehradě. Ve škole v Budči, pokud vůbec kdy nějaká byla, se tedy Václav možná jenom doučoval latinu. Kdyby byli Václav a Ludmila proněmečtí, těžko by byli hned krátce po své smrti uctíváni jako svatí pravoslavnou církví v Rusku .

(Život Ludmily byl poprvé vylíčen ve staroslověnsky sepsaném životopise, který se zachoval na Rusi, kde je stále uctívána. Václavovy postřižiny (což byl v té době zvyk ruských knížecích rodin, takže tuto jedinou zmínku o postřižinách v naší historii můžeme považovat mimo jiné za důkaz i politických styků s Ruskem v oné době) provedl v jeho sedmi letech pravoslavný biskup Inotarij. Také Václav začal být velmi brzy uctíván v ruském prostředí, kde se o něm zachovala i první staroslověnská legenda a jiné literární památky, které se v Čechách nedochovaly, protože byly později zničeny.)

...Roku 929 se Václav sice podřídil východofrancké říši - králi Jindřichovi I. Ptáčníkovi, dostal od něj ruku sv. Víta, a na Pražském hradě založil svatovítský kostel. Svatý Vít je však ve skutečnosti jen maskovaný pohanský Svantovít, což je vidět na symbolice ještě i na barokních sochách - je zpodobňován s kohoutem, symbolem mužské potence, ačkoli sv. Vít měl být panic.