Kdy se dostala náboženská hnutí jako begardi, valdenští a kataři do Čech, není známo. V Českých zemích byla sice zavedena inkvizice roku 1257, ale není jisté, jestli kvůli podobným hnutím nebo kvůli přežívajícímu pravoslaví. Z nejstarší doby nemáme ani zprávy o její činnosti.
Spolu s německými kolonisty totiž do Českých zemí ve druhé polovině 13. století nemusela přijít jenom římská „církev“, ale i tato náboženská hnutí. Teoreticky sice mohlo docházet také právě ke střetávání římské „církve“ s přežívajícím cyrilometodějským pravoslavím, ke komu se však vztahují zmínky o „kacířích“ v českých dokumentech z druhé poloviny 13. století, není vůbec jasné. (První zmínka o „kacířích“ u nás je z roku 1244.)
Z pozdějších zpráv však spíš vyplývá, že podobně jako se římská „církev“ ve druhé polovině 13. a po většinu 14. století věnovala výlučně německým přistěhovalcům a nechtěla se dostat do konfliktu s českým obyvatelstvem, tak se také i inkvizice „starala“ výlučně o německé obyvatelstvo, a ani ve snu by ji nenapadlo, že by měla mít pravomoc i nad obyvatelstvem českým. A pokud máme o těchto náboženských hnutích u nás zprávy, zpravidla se také jedná o přistěhovalce.
Ostatně ani u Němců v té době nebylo „křesťanství“ zdaleka samozřejmostí a zřejmě se týkalo jen městského obyvatelstva. Víme to z privilegia Fridricha II., uděleného Židům roku 1236, podle kterého patří pohanští poddaní k jejich majetku i poté, co by se nechali pokřtít. Podobně pak byly i v Čechách právě mezi německým vesnickým obyvatelstvem velmi rozšířeny „heretické“ náboženské směry.
Již roku 1344 dojednal markrabí Karel (pozdější Karel IV. 1346-1378) v Avignonu s papežem Klementem VI. povýšení pražského biskupství na arcibiskupství. „Již“ v tom smyslu, že v té době ještě nebyl králem. Jinak, jelikož byly Čechy považovány za „nespolehlivou“ zemi, dostaly arcibiskupství až jako poslední království na kontinentě. (Pražské biskupství předtím podléhalo mohučskému arcibiskupovi, před založením pražského biskupství podléhaly Čechy (dost teoreticky) řezenskému biskupovi.)
Prvním arcibiskupem se stal Karlův přítel a rádce Arnošt z Pardubic. V listopadu téhož roku byla zahájena také stavba katedrály sv. Víta. Základní kámen položil Jan Lucemburský, doprovázený svými syny Karlem a Janem Jindřichem, a novým arcibiskupem.
Na obhajobu Karlovy spolupráce s „církví“ je nutno říci, že Klement VI. se od jiných papežů poněkud lišil. Klement VI. byl v podstatě plně renesančním mužem, který vydatně podporoval umění a snažil se přeměnit Avignon ve středisko kultury, umění a vědy. Klement VI. také podpořil volbu Karla říšským králem a později i založení slovanského kláštera a pražské university.
Karel IV. vydatně rozvíjel svatováclavský kult. Důvod byl, podobně jako předtím u Přemyslovců, ne náboženský, ale politický - je dobré být potomkem světce. Ke své korunovaci na českého krále roku 1347 dal podle vzoru přemyslovské koruny zhotovit novou korunu, které se od té doby říká svatováclavská. (Jeho pokus o přejmenování Pražského hradu na Svatováclavský se však neujal.)
Karel však oživil i cyrilometodějskou tradici. Ještě roku 1346 požádal papeže Klementa VI. (1342-1352, Klement byl předtím na královském dvoře v Paříži jeho rádcem a učitelem, vlastním jménem se jmenoval Pierre Roger de Rosières), aby v Čechách povolil slovanskou liturgii a založení několika slovanských klášterů, které by byly určeny i k šíření křesťanství do okolních slovanských zemí. Jako důvod pro povolení staroslověnské liturgie se tehdy v papežově bule uvádí, že v Čechách a v sousedících zemích je mnoho pravoslavných obyvatel, kteří latinskou liturgii odmítají. Papež povolil klášter jeden.
Roku 1347 tedy Karel založil jako centrum slovanské liturgie a slovanského písemnictví klášter Na Slovanech (v Emauzích - podle toho, že kostel byl vysvěcen na velikonoční pondělí, kdy se čte evangelium o Kristových učednících jdoucích do Emauz). Když měl být klášter jenom jeden, pojal jej Karel velkoryse, a klášter tak patřil k největším v tehdejší Evropě. Byl proto dokončen až roku 1372, kdy do něj přišli slovanští mniši, snad benediktini východního obřadu, patrně vyhnaní právě tehdy z Dalmácie, Chorvatska a Bosny, z území, která byla v té době okupována uherskými prořímskými Anjouovci. (I v samotných Uhrách však bylo ještě ve 14. století víc pravoslavných klášterů než latinských.)
Roku 1349 zavedl první pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic v Českých zemích svátek Cyrila a Metoděje.
Karel klášteru také daroval jedinou údajnou dochovanou památku na pravoslavný Sázavský klášter, knihu evangelií, kterou psal prý sám opat kláštera, svatý Prokop. Kniha se pak později dostala přes Byzanc do Francie, kde byla považována za tak posvátnou, že na ni francouzští králové, aniž by věděli, o jakou knihu se jedná a jakým jazykem je napsána, skládali korunovační přísahu. Jde o známý Remešský evangeliář.
Emauzský klášter byl později ctěn i husity a za husitských válek proto ušetřen.
Klášter se měl stát i misijním střediskem pro okolní Slovany. Tato skutečnost byla ještě ve dvacátém století některým „kruhům“ takovým trnem v oku, že jej roku 1945 USA vybombardovaly.