Karel IV. byl velkým obdivovatelem Karla Velikého, hlavně však karolínské renesance. Některé stavby Karla IV. proto nesou byzantské rysy. Jako například kostel Karlov na Novém Městě, nebo nádherná mozaika nad jižním vchodem do chrámu sv. Víta na Pražském hradě.

Je dochován i Karlův list carovi Srbů a Řeků Štěpánu Dušanovi, ve kterém Karel podporuje Štěpánovy snahy o společný postup Západu a Východu proti osmanským Turkům. Karel si však zřejmě pro takovou spolupráci nejprve potřeboval upevnit svoji pozici, a tak dopis posílá až ze své císařské korunovační jízdy roku 1355. Ve svém dopise chválí snahy svého „nejdražšího a milovaného bratra“ a poukazuje na společný slovanský jazyk a bratrské svazky. Naneštěstí Štěpán Dušan téhož roku umírá. Jeho syn a nástupce Štěpán Uroš je popisován jako „mladík neschopný a nesamostatný“. Následoval úpadek Srbska, který skončil roku 1389 porážkou Srbů na Kosově poli.

Proti šlechtě, která získala za věčné nepřítomnosti Jana Lucemburského značnou moc, ale hledal Karel z nutnosti oporu u „církve“. Zakládal proto spousty kostelů, klášterů (za jeho vlády vzniklo v Českých zemích 35 nových klášterů), a dosazoval „církevní“ hodnostáře na klíčová místa. Tím ovšem zase příliš rostla moc „církve“.

Roku 1363 proto Karel sám povolal rakouského kazatele Konráda Waldhausera, aby kritizoval „církevní“ nepravosti. Waldhauser kázal v kostelech sv. Havla a Ženy Marie před Týnem. Na jeho kritiku „církevních“ zlořádů pak navázali čeští kazatelé.

Třebaže se Karel ve své vnitřní politice opíral o „církev“, nemínil se podřídit papežské kurii. I papež Klement VI. (1342-1352) a jeho nástupce Inocenc VI. (1352-1362) jej proto odmítali korunovat císařem. Roku 1355 si proto Karel korunovaci vynutil vojensky.

Otevřený vnitropolitický boj „církve“ o moc propukl až za Karlova syna Václava IV. (1378-1419). „Církev“ využila situace a jeho slabosti a snažila se uchvátit moc. Zejména mladý pražský arcibiskup Jan z Jenštejna (kterého Václav neprozřetelně jmenoval i svým kancléřem - kancléřem římské říše).

Mocenský spor vyvrcholil v roce 1393. Napřed dal arcibiskup do klatby královské úředníky, kteří odsoudili k smrti jakéhosi studenta Dětřicha, mimo jiné za kostelní krádež. To byl pro něj asi nebezpečný precedens - šest let předtím byl totiž on sám dán papežem do klatby za zpronevěru „církevních“ peněz. Když pak arcibiskup proti králově vůli dosadil kladrubského opata, nechal král zatknout arcibiskupovy úředníky. Dal je mučit, dokonce se i sám na mučení podílel.

Generální vikář (náměstek) Jan z Pomuku mučení podlehl a byl hozen v pytli do Vltavy. V roce 1395 pak král Jenštejnovi zkonfiskoval statky a v roce 1396 ho donutil vzdát se arcibiskupské hodnosti. Novým arcibiskupem se stal Jenštejnův synovec Olbram ze Škvorce, který byl velmi liknavý ve vyplácení Jenštejnovi stanovené renty, a tak Jenštejn skončil život roku 1400, zapomenut, v Římě.

Václav IV. však měl nevyřízené účty i přímo s Jenštejnovým generálním vikářem. Jan z Pomuku totiž roku 1389 na popud Jana z Jenštejna osobně zorganizoval pogrom, při kterém bylo v Praze, podle svědectví kronik, za jediný den vyvražděno na 3000 Židů a zničeno skoro celé pražské Židovské Město. Využil tehdy nepřítomnosti krále, který byl zrovna v Chebu. Účelem bylo oslabit moc krále - připravit jej o finanční pomoc Židů, se kterou počítal.

Takže, podle všeho, Václav IV., který podle Palackého „všeobecně pokládán byl za největšího přítele a ochránce Židův, ačkoli, pokud nám vědomo, nic mimořádného neučinil ku prospěchu jejich“, Jana z Pomuku osobně umučil právě za tento pogrom. (Po pražském pogromu ovšem „církev“ vůbec zintenzívnila boj o moc. Například Matěj z Janova byl tehdy donucen potupně odvolat, a hned na to v Čechách následovalo také vyvražďování a vyhánění begardů.)

Z této události později vznikla pověst o tom, jak byl Jan Nepomucký umučen, protože jako zpovědník královny nechtěl vyzradit zpovědní tajemství. Václavova první žena Johana, které se mělo zpovědní tajemství týkat, v té době byla již dávno mrtvá, a jeho druhá žena Žofie, se kterou se Václav oženil roku 1389, byla naopak příznivkyní Jana Husa. Navštěvovala jeho kázání v Betlémské kapli a dokonce si vybrala právě Jana Husa jako zpovědníka. (I když pro objektivnost je třeba dodat, že to bylo až později. Roku 1393 byl Hus, jak sám píše, ještě nezralým studentem, který se nechal tak zmanipulovat, že nacpal poslední čtyři groše dealerům odpustků, a pak se musel spokojit se suchým chlebem. ...A Žofie se po smrti Václava IV. zase dala na stranu vraha Zikmunda.)

Na základě této pověsti pak později jezuité prosadili prohlášení Jana Nepomuckého za svatého a vytvořili jeho kult, kterým ohlupovali český národ, a který dokonce rozšířili do jiných zemí - například do Maďarska, Rakouska a Bavorska, ale i do zámoří. Je i dost pravděpodobné, že v případě tradovaného chybného data úmrtí - uváděného dokonce při prohlášení Nepomuckého za svatého - nešlo o omyl, možná šlo o záměrnou dezinformaci, aby nebylo možné jeho osobu spojovat se zmíněným pogromem.

...Ve stylu rádia Jerevan můžeme říci, že podobně jako na všech pověstech, je i na pověsti o umučeném zpovědníkovi Janovi něco pravdy. Jen se vloudilo několik nepřesností: Královnin zpovědník se sice jmenoval Jan, ale ne Nepomucký. Byl to Jan Hus. Po smrti nebyl hozen do Vltavy, ale jeho popel byl vhozen do Rýna. A konečně, nebyl zabit za to, že by mlčel, ale naopak za to, že mluvil.