Křižácká válka proti Českým zemím trvala i za Vladislava Jagellonského, až do roku 1479, kdy s Matyášem Hunyadim uzavřel potupný „smír“. Papež Sixt IV. (po kterém se jmenuje Sixtova kaple nesprávně nazývána Sixtinská), však byl ve válečném stavu proti Čechám i po uzavření této dohody. Vatikánem byl Vladislav uznán až roku 1487.

Vladislav však byl skatolík, a do všech úřadů dosazoval skatolíky. Již roku 1476 byly odhaleny velké podvody těchto nových radních v Kutné Hoře a v Pražských městech. Po navrácení Matyášem Hunyadim okupovaných - a skatolizovaných částí Čech Vladislav skatolické šlechtě daroval majetek, o který přišla ve válkách proti českému králi, a stal se jejich naprostou loutkou. Výsledkem této jeho politiky bylo, že již v roce 1480 začalo zatýkání, mučení a vraždy pražských kališnických konšelů a kazatelů. Toho roku Vladislav mimo jiné zakázal zpívat kališnické písně.

Dne 24. září 1483 byly druhou pražskou defenestrací zmařeny přípravy skatolického puče. Po prozrazení záměru králem dosazených skatolických konšelů povraždit během noci na 25. září pražské kališníky (měl to být jakýsi předobraz bartolomějského masakru, kat tehdy dostal rozkaz, aby si předem opatřil dostatek pacholků, byl vypracován seznam se jmény asi osmdesáti hlavních obětí), byly náhlým útokem dobyty všechny tři radnice (Novoměstská, Staroměstská, Malostranská) a obsazen Pražský hrad a Vyšehrad. Teprve potom se připojily davy a vyhnaly mnichy a skatolíky z města. Na kláštery útočily hlavně ženy.

Vladislav Jagellonský chtěl hned na to vyvraždit Prahu, jeho vojsko - sehnal jenom 8000 vojáků - však na to bylo moc malé, tak je rozpustil. Militantní papež Sixt IV. poněkud opožděně vyzýval k protičeské křižácké válce, a znovu pak ještě příštího roku. Jeho představa, že by válku mohl vést Vladislav, který by pak české území „očištěné od kacířů“ předal Matyášovi Hunyadimu, kterého papež stále prohlašoval za českého krále, však byla poněkud mimo. Když se papežovi nepodařilo vyvražďovací křižáckou válku prosadit, „zemřel vyčerpán zármutkem“.

Roku 1485 došlo na zemském sněmu v Kutné Hoře k uzavření „kutnohorského náboženského smíru“. I skatolíci museli uznat kompaktáta za základní zemský zákon. Platnost dohody byla stanovena na 31 let, roku 1512 pak došlo k jejímu prodloužení na věčnost. (Roku 1567 byla zrušena.)

V roce 1487 pražští skatolíci ovšem již opět zkoušeli zavést odpustkovou deprivantizační metodu. Roku 1500 vyhlásil odpustkovou deprivantizaci v Praze sám papež, a navíc do Českých zemí vyslal jako teroristu inkvizitora Jindřicha Institorise, autora známého „Kladiva na čarodějnice“. (A jednalo se o papeže Alexandra VI., známého Rodriga de Borgiu, který mimo jiné roku 1498 upálil italského kazatele a reformátora Savonarolu.) Roku 1508 Vladislav nařídil spálit knihy Jednoty bratrské, kterou zakázal.

Velmi neblahý dopad měl vstup „pravicové“ skatolické šlechty do politiky po „smíru“, vyhlášení příměří mezi Vladislavem a Matyášem roku 1479. I kališnická šlechta totiž postupně přejala jejich „morálku“ a podobně jako oni se pak zajímala již jen o získávání dalšího a dalšího majetku všemi prostředky. Ze šlechty se stali podnikatelé v tom nejhorším slova smyslu.

Šlechtě se podařilo, hned roku 1479 - zcela jistě v tom hrála hlavní roli právě skatolická šlechta - prosadit uzákonění nevolnictví.

Rozkrádání královského majetku šlechtou nabylo takového rozsahu, že z obav, aby nepřišel i o Pražský hrad, Vladislav roku 1513 vydal majestát upravující právní postavení Pražského hradu. Hrad získal statut nezcizitelného majetku České koruny, který měl až do 19. století. To se samozřejmě vztahovalo i na chrám sv. Víta.

Když Vladislavův syn, Ludvík Jagellonský viděl, jaké míry dosáhlo rozkrádání královského majetku, roku 1522 vyházel všechny skatolické úředníky, dosadil úředníky nové a nejvyšší moc svěřil Karlovi Minsterberskému (vnukovi Jiřího z Poděbrad). Noví úředníci sice nerozkrádali, ale byli všichni radikální utrakvisté, což se králi nelíbilo ještě víc. A tak, když roku 1524 provedli skatolíci v Praze násilný převrat, nechal je u moci.

V roce 1519 v Praze vystoupili stoupenci německého reformátora Martina Luthera, který prohlásil Husa za svého přímého předchůdce. Dokonce prohlásil, že i v případě, že by všichni Češi na Husa zapomněli, Němci budou v Husovu odkazu pokračovat. Nejvýznamnějším centrem luteránství v Čechách se stal Jáchymov, který byl v době vrcholu „stříbrné horečky“ (vrcholu dosáhlo dolování v letech 1521-1544) počtem obyvatel druhým největším městem v zemi po Praze - podle některých odhadů dokonce úplně největším ... a čistě luteránským. Luterány se tehdy stali nejen všichni Němci na šlikovských panstvích, ale všichni Němci, kteří tehdy opět přicházeli do Čech.

Německá reformace však na české utrakvisty paradoxně zapůsobila tak, že se rozpadli na dvě křídla - staroutrakvisty, inklinující ke kolaboraci se skatolíky, a novoutrakvisty, kteří chtěli po Lutherově vzoru na Římu nezávislou církev. Došlo k naprostému roztříštění sil.

V roce 1521 v Praze také kázal vůdce německé chudiny Tomáš Müntzer.