Roku 1212 vydal sicilský král Fridrich II. známou a tolik opěvovanou Zlatou bulu sicilskou o poměru českého krále a Českých zemí vůči říši. Mnoho se mluví o tom, jaký význam měla pro samostatnost českého státu, což neměla, méně již o tom, že je v ní výslovně uznáno právo českých králů dosazovat biskupy. I když ani to nebylo nic nového.

Přemysl vymohl i prohlášení Prokopa, byzantinského opata Sázavského kláštera, za svatého (roku 1204). I když to bylo možné jenom díky tomu, že Přemysl neustále přecházel z jedné strany na druhou, když střídavě podporoval říšského krále a protikrále v době, kdy jej chtěl papež Inocenc III. získat na svou stranu. Prokop je pravděpodobně z „našich“ svatých jedinou kladnou postavou.

Přemysl tenkrát chtěl na papeži Inocencovi vymoci i povýšení pražského biskupství na arcibiskupství. V tom však neuspěl. Možná také proto, že chtěl hned několik věcí najednou - chtěl po papeži mimo jiné, aby uznal jeho rozvod s Adlétou Míšeňskou a nový sňatek s uherskou (pravoslavnou) princeznou Konstancií.

V letech 1233-1234 sestra Václava I. (1230-1253) Anežka založila v Praze ženský klášter klarisek (a mužský minoritů) a stala se jeho abatyší. Kromě toho ještě sama založila řád křižovníků s červenou hvězdou (byl to jediný řád založený ženou a jediný řád založený u nás). Anežka však kromě toho přetáhla Václava na stranu papežské kurie, proti císaři. Motivem byla s největší pravděpodobností čirá pomsta. - Měla si totiž brát syna císaře Fridricha II. a tehdy jeho následníka Jindřicha, ale ze sňatku sešlo. (Asi proto byla roku 1874 - „prvním neomylným papežem“ prohlášena za blahoslavenou a roku 1989 papežem zakazujícím používání svědomí za svatou.) V podobném propapežském směru působila na Václava i jeho druhá sestra Judita.

Václavova spolupráce s papeži nevyznívá příliš pozitivně. Byli to totiž papež Řehoř IX. (1227-1241), který roku 1231 zreorganizoval činnost inkvizice a podřídil ji přímo papeži, a papež Inocenc IV. (1243-1254), který dal inkvizici povolení užívat mučení k vynucení přiznání a nařídil dětem udávat rodiče. Navíc byla tato spolupráce i překvapivá, vzhledem k tomu, že Václav byl synem uherské princezny a za ženu měl dceru Filipa Švábského - vnučku byzantského císaře. Václav I. byl proto také značně neoblíbený, a koncem 40. let se šlechta neúspěšně pokusila o převrat - o dosazení jeho syna Přemysla Otakara II.

Jinak je zajímavé, že i na dvoře takového papežence, jako byl Václav I., působili v rámci dobové módy minnesängři. „Minnesängrismus“ totiž vznikl, jako opěvování volné lásky, v jižní Francii, na území albigenských, kteří ji pěstovali. Po jejich vyvraždění pak minnesängrismus přežívá na různých panovnických a šlechtických dvorech.

Přemysl Otakar II. (1253-1278), který vládl také v Rakousku, kde byl velmi oblíben, se opět snažil vymoci na papeži založení arcibiskupství v Olomouci - aby pak zřejmě mohl opět pokračovat v cyrilometodějské tradici. Vedl i proto v duchu Břetislavovy výpravy do Hnězdna dvě křižácké výpravy do Pruska a Pomořanska. Takovéto snahy o založení pravoslavné slovanské říše však byly v té době již předem odsouzeny k nezdaru. Přemysl byl nepřijatelný - a i proto musel být odstraněn - ještě z dalšího důvodu. Byl považován za příliš silného a nebezpečného dokonce i pro Turky - tajné spojence Říma. Za účelem jeho odstranění si Řím „vymyslel“ do té doby v podstatě neexistující Habsburky.

Jeho syn, Václav II. (1278-1305) byl po jeho smrti oženěn s dcerou Rudolfa Habsburského Gutou (Jitkou, * 1271, + 1297) a podroben tak vlivu „církve“ a říšského krále.

Václav uvažoval roku 1294 o založení university. Šlechta však z obav, že by to vedlo k dalšímu zvýšení moci „církve“, o kterou se Václav II. už tak dost opíral - základem university měla být svatovítská katedrální škola - jeho plán nepodpořila. A zahrávat si s podporou „církve“ samozřejmě nebylo ani tehdy příliš radno. Připomeňme si, že v roce 1302 se papež Bonifác VIII. opět domáhal světovlády.

Jelikož byl Václav ze strany své matky pravnukem pravoslavného světce, knížete Michala, bylo jeho vystřízlivění a odklon od Říma zřejmě jen otázkou času. Ze Zbraslavské kroniky víme, že dokonce došlo k jakémusi neoficiálnímu obnovení slovanské bohoslužby v Praze. Václav II. si v letech 1296-1297 opět zval pravoslavné kněze z Ruska, Pruska, Uher, Řecka a Srbska, kteří v jeho přítomnosti sloužili bohoslužby řeckým a slovanským jazykem.

Následoval habsburský útok na České země, který byl pojat jako křižácké tažení (podobně jako i předtím útok proti Přemyslu Otakaru II.). Šlo o typickou křižáckou válku spojenou s masívním vyvražďováním civilního obyvatelstva. Plošné vyvražďování probíhalo zejména na Moravě. Upálení velkého množství lidí v kostele v Ivančicích, které v té době spadaly pod pražskou diecézi, připomíná navíc, víc než cokoliv jiného, rituální upalování lidí jiné víry.