V případě konfliktu Metoděje a Svatopluka nešlo o pouhé osobní neshody. Škola, kterou na Velké Moravě Konstantin a Metoděj založili, představovala svým rozsahem a úrovní takové centrum vzdělanosti, že se s ním nemohlo nic, co bylo na západě, srovnávat. Proto se na Západě rozhodli, kromě toho, že u nás zničí pravoslaví, zničit jako první i tuto školu.
Působení Konstantina a Metoděje proto musíme spatřovat spíš v tom, že ohromili svou „východní vzdělaností“ - v kontrastu se západní pseudovzdělaností, než v nějakém masívním pokřesťanšťování Moravy. Na to totiž ani nebyl čas.
Podíváme-li se totiž na věc blíže, vidíme, že jejich činnost (kromě překladatelské práce) spočívala hlavně ve výchově budoucího církevního „personálu“. Vychovávali učitele, kteří učili další žáky. I na konci Metodějova života zde byli stále ještě hlavně studenti a učitelé (původně Konstantinovi a Metodějovi žáci), kteří tyto studenty učili. Jejich počet se sice již rozrostl natolik, že by mohli v nejbližší době začít působit na široké vrstvy, ale k tomu již nedošlo.
Přes vžité představy o křesťanské Moravě se i v Metodějově době křesťanství týkalo jenom úzké vrstvy moravské společnosti. Proto pak také k likvidaci křesťanství na Moravě stačilo pozatýkání a „vyhnání“ inteligence.
(Je zajímavé pozorovat, jak se slovo vyhnání v tomto případě vytrvale používá ke zlehčení skutečnosti - na rozdíl od odsunu sudetských Němců, kde se používá naopak ke zveličení. - Navíc často můžeme dokonce slyšet o „vyhnání Metoděje a jeho žáků“, přestože byl Metoděj v té době mrtev.)
K zániku Velkomoravské říše pak přispěla především Svatoplukova nepředvídavá politika. Nejprve se postavil proti Rastislavovi, na stranu východofrancké říše, pak naopak proti ní - na stranu papeže. Snad snil o tom, že jej papež korunuje jako císaře. Jinými slovy, šel z extrému do extrému. Tím, že se postavil na stranu papeže, ovšem i do budoucna vyloučil možnost spojenectví Moravy s východofranckou říší proti Maďarům. Papežové naopak vpády nájezdníků od východu podporovali, protože tyto vpády oslabovaly císaře a jiné evropské panovníky, a tím rostla moc Říma. Za situace, kdy Svatopluk a později jeho nástupce Mojmír II. kolaborovali s papežem, se pak spojoval kdekdo s Maďary proti komukoli, jenom ne nikdo s Moravany proti Maďarům. Hlavně Frankové proti Moravanům. A bavorští biskupové tehdy dokonce Maďarům za nájezdy na Moravu platili. Svatopluk se tehdy zmohl jen na to, že naléhal na krále Arnulfa, aby šel k papeži na kobereček. Po roce 906 zprávy o Velkomoravské říši umlkají ...a tak Morava, i se svou, římskými přisluhovači Svatoplukem a Mojmírem II. zavedenou latinskou liturgií, na víc než sto let mizí z historie.
(Například v Pohansku u Břeclavi byla ve 2. polovině 10. století postavena na místě předsíně dřívějšího kostela opět pohanská svatyně.)
V Čechách pochází z konce velkomoravského období kostel sv. Klimenta na Levém Hradci (u Roztok) a kostel Ženy Marie na Pražském hradě, které také nesou známky velkomoravského stavitelství. (Údajné ostatky sv. Klimenta, čtvrtého v posloupnosti papežů, našli právě Konstantin a Metoděj roku 861 při své předchozí misii na Krymu. Tyto ostatky jim pak do značné míry otevřely i dveře v Římě.)
Roku 845 sice údajně došlo v marné snaze o odvrácení franckých útoků ke křtu čtrnácti českých knížat i s družinami v Řezně (Regensburgu) v Bavorsku. Jak víme, není to vůbec jisté, nemuselo vůbec jít o knížata z Čech. A i pokud tomu tak bylo, toto politické gesto nebylo moc platné, k odvrácení hrozby nedošlo, a namísto toho probíhala v následujících dvanácti letech (846-857) téměř nepřetržitá válka Franků jak proti Čechám, tak proti Velké Moravě. Jak píše Dušan Třeštík:
Roku 847 Frankové vpadli do Čech a Češi byli donuceni vydat rukojmí a dovolit činnost německých misionářů. Tito misionáři pak byli po zdrcující porážce Franků v roce 849 v severozápadních Čechách vyhnáni (za ty nanejvýš dva roky asi moc škody napáchat nestačili).
Bořivoj (872?-889), který je v některých pramenech označován jako moravský kníže, byl pravděpodobně v Čechách Moravany dosazen jako místodržící. Mohl být příbuzným, možná i synem Rastislava. Expertíza Bořivojových pravděpodobných kosterních pozůstatků se zdá jeho moravský původ potvrzovat. Někdy v 70.-80. letech (data se různí, obvykle jsou v rozmezí 878-884) byl Bořivoj se svou ženou Ludmilou na Moravě od Metoděje pokřtěn. Na svém tehdejším sídle Levém Hradci (u Roztok) pak Bořivoj nechal postavit zmíněný kostel sv. Klimenta.
(Za prvního známého křesťana v Čechách je ovšem považován poustevník svatý Ivan, který žil, prý ještě od dob knížete Neklana, v jeskyni na přítoku Berounky, Loděnici. Zemřel asi roku 883. Místo se dnes nazývá Svatý Jan pod Skalou. Dříve se nazývalo Svatý Ivan pod Skalou, ještě na přelomu 19. a 20. století se užívaly názvy oba. ...Pro zakrytí jeho pravoslavnosti byl Ivan přejmenován na Jana. Přístup k jeskyni je dnes pouze přes římský kostel, který je zamčený.)